Sua organização usa MFA com o modelo de uso "Per Authentication". Após integrar os usuários da empresa adquirida, eles devem usar o modelo de uso "Per Enabled User". Solução: você cria um novo provedor de MFA e o restaura a partir de um backup dos dados do provedor de MFA existente. Essa solução atende ao requisito?

Não, essa solução não atende ao requisito. O Azure MFA Server não permite restaurar um backup de dados de um provedor de MFA para um novo provedor. Cada provedor de MFA é um serviço independente e seus dados de configuração e usuários são específicos para ele. Para mudar o modelo de uso de "Por Autenticação" para "Por Usuário Habilitado" para os novos usuários, você precisaria configurar o novo provedor de MFA do zero e migrar os usuários para ele, ou ajustar as configurações do provedor de MFA existente, se possível, para acomodar os novos usuários sob o modelo desejado.